هم زمان با اظهارنظر مجدد حسینی، قائم مقام وزیر علوم، در خصوص دفتر تحکیم وحدت، سازمان مجاهدین انقلاب نیز سخنان این عضو دولت نهم را در خصوص دفتر تحکیم وحدت را تکرار کرد.
محمد حسینی اظهار داشت: «طیف علامه غیرقانونی محسوب میشوند، هر چند که گهگاه موضعگیری کرده و اطلاعیههایی هم صادر میکنند. در این که این طیف غیرقانونی بوده و هست، هیچ شکی نیست اما بحث برخورد کردن با آنها امر دیگری است.» در همین حال علی باقری، عضو شورای مرکزی سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی، در گفتگو با روزنامه اعتمادملی گفت: «از ابتدای دهه ۸۰ با آغاز روند اضمحلال انجمن های اسلامی دانشجویی، باید بررسی کنیم که در چند دانشگاه کشور انجمن اسلامی دانشجویان با اساسنامه و مرامنامه مشخص وجود دارد. به گمان من تحکیم به پایان حیات خود رسیده است.» وزیر علوم نیز در همین رابطه گفته بود: «مبانی غیرقانونی بودن دفتر تحکیم وحدت از سال ۸۱ مشخص شد.»
چندی پیش نیز وزارت علوم در اطلاعیه ای دفتر تحیکم را غیرقانونی خواند. یکی از بندهای این اطلاعیه که وزارت علوم به آن استناد کرده بود به این شرح بود: «عدول مکرر از اساسنامه و مرامنامه دفتر تحکیم وحدت طی چند سال گذشته.» غلامرضا ظریفیان، عضو شورای سیاسی سازمان مجاهدین انقلاب، در مصاحبه ای در همان زمان اعلام کرد: «این وضعیتی که اکنون در تحکیم وجود دارد اصلا وضعیت مناسبی نیست و تحکیم طیف علامه باید ابتدا تکلیفش را با خودش مشخص کند و صرف داشتن یک عنوان مسالهای را حل نمیکند.این تعارضاتی که بین بینش امروز تحکیم و مرامنامه و اساسنامه آن است باید به شکلی حل شود و این فاصلهها منجر به این میشود که آسیبپذیری این مجموعه زیاد شود و اگر این دوستان به این اساسنامه و مرامنامه اعتقاد ندارند، هویت جدیدی را برای خودشان ایجاد کنند.»
به گزارش خبرنامه امیرکبیر باقری نیز در مصاحبه با اعتماد ملی گفته است: «دفتر تحیکم وحدت بر اساس چند سند مادر که تشکیلات طبق آن اداره می شود شکل می گیرد. این اسناد مادر عبارت است از اساسنامه و مرامنامه تحکیم که این اساسنامه و مرامنامه تحکیم از ابتدای تدوین در سال ۵۸ تاکنون تغییر عمده ای نکرده است. اگر ما با جمعیتی رو به رو شویم که نام تحکیم را برای خود انتخاب کرده و نه در چارچوب تشکیلاتی تحکیم و نه همگرایی کلی با اسناد مادر حرکت می کند اطلاق نام تحکیم وحدت به آن کمی مشکل خواهد بود.» این عضو شورای مرکزی سازمان مجاهدین در جای دیگری گفته است: «با توجه به تجربیات این سالها اساسا امکان سیاست ورزی متکثر با الگوی انجمن های اسلامی امروزی امکان پذیر نیست.»
حملات سازمان مجاهدین انقلاب به دفتر تحکیم وحدت هم زمان با حملات دولت محمود احمدی نژاد در حالی است که در روزهای اخیر احزاب و گروه هایی چون جبهه ملی، ملی-مذهبی، اعتمادملی، کارگزاران، سازمان دانش آموختگان(ادوار تحکیم)، جبهه مشارکت و برخی روشنفکران در مقابل حملات وزارت علوم از دفتر تحکیم وحدت حمایت کرده اند. شنیده ها حاکی از آن است که سازمان مجاهدین انقلاب بر اساس تحلیلی خاص در آستانه انتخابات ریاست جمهوری در حال حمله و شایعه پراکنی مداوم در محافل سیاسی علیه دفتر تحکیم وحدت است. یکی از اعضای بلندپایه این سازمان در توجیه رفتار حزب متبوعش گفته است: «اعضای فعلی دفتر تحکیم وحدت بر اساس خطی امنیتی خودشان قصد دارند تحکیم را به بیراهه بکشند و آن را تعطیل کنند. ما چرا باید از آن ها حمایت کنیم؟!»
بهزاد نبوی نیز در اظهار نظری در جمع اعضای سازمان مجاهدین و جبهه مشارکت گفته است: «در انتخابات اخیر دفتر تحکیم افراد خیلی تندتری انتخاب شدهاند و من توصیه می کنم از این ها دوری کنید چرا که ممکن است همهچیز را با خود ببرند.» این عضو سازمان در اظهار نظر دیگری در پاسخ به پرسشی مبنی بر این که دفتر تحیکم زمانی که جامعه مدرسین حوزه علمیه قم سازمان مجاهدین را نامشروع خواند از این کار به شدت انتقاد کرد اما چرا سازمان امروز از این تشکل حمایت نمیکند، گفت: «مواضع سازمان مجاهدین انقلاب از طریق سخنگو اعلام میشود و من در این باره حرفی نمیزنم.»
نبوی که در دوره اصلاحات صراحتا از دفتر تحکیم وحدت به عنوان حیاط خلوت سازمان مجاهدین نام برده بود و افرادی که آن زمان اصلاح طلبان را نقد می کردند به نفوذی راست ها در دفتر تحکیم متهم کرده بود، اخیرا گفته است: «در دوران اصلاحات انجمنهای اسلامی و دفتر تحکیم وحدت نماینده نیرومند جبهه اصلاحات در دانشگاهها بودند که، البته این مسئله باعث شد تا احزاب اصلاح طلب از فعالیت در دانشگاه غافل شوند. آن زمان جریان مخالف اصلاحات به نقش دانشجویان در جامعه و جنبش اصلاحی پیبرد به همین جهت تصمیم گرفت تا این سنگر اصلاح طلبان را از بین ببرد و در جهت اضمحلال دفترتحکیم وحدت قدم برداشت.»
برخی از اعضای شاخه جوانان سازمان مجاهدین پس از روی کار آمدن دولت احمدی نژاد با همکاری کامل خرمشاد، معاون فرهنگی وزارت علوم، تلاش های فراوانی جهت برگزاری نشستی با حضور تعداد معدودی از انجمن های اسلامی در دانشگاه شهید بهشتی و تشکیل آن چه خود «دفتر تحکیم وحدت یکپارچه» می نامیدند، انجام دادند. اما به علت عدم استقبال انجمن های اسلامی از این طرح، این ترفند به شکست انجامید. یک عضو ستاد جوانان سیدمحمد خاتمی گفت این افراد منبع اصلی شایعه پراکنی علیه دفتر تحکیم وحدت در محافل سیاسی هستند.
گفته می شود سازمان مجاهدین انقلاب در آستانه انتخابات ریاست جمهوری از آن جا که حضور یک گروه منتقد و با نفوذ در دانشگاه ها را به حال طرح های انتخاباتی خود مضر می داند در صدد است در همکاری پنهان با دولت احمدی نژاد دفتر تحکیم وحدت و انجمن های اسلامی زیرمجموعه این تشکل را تضعیف کند. همچنین گفته می شود از آن جا که این گروه خود را برنده انتخابات ریاست جمهوری می داند در حال زمینه چینی برای ایجاد انجمن های اسلامی و دفتر تحکیم جعلی در دولت آینده است.