بانکداری الکترونیکی به دلیل ماهیت گستردگی و شعار همه کس, همه جا با هر رسانه ای ویژگی های منحصر به فردی دارد که به همین دلیل خطرها و ریسک های متنوعی به همراه دارد که شامل شکل این نوع بانکداری و سطحی از خطر هایی را که مرتبط با خدمات سنتی مالی، راهبردهای ویژه، عملیاتی، قانونی، و خطرهای اعتباری می باشد را افزایش دهد. از جمله شاخص های تاثیرگذار در افزایش ریسک سرعت تغییرات تکنولوژیکی, تغییر انتظارات مشتریان, افزایش پدیداری شبکه های اینترنتی در دسترس عموم, کاهش تعامل رو در رو با مشتریان موسسات مالی, لزوم یکپارچه سازی بانکداری الکترونیکی با سیستم های کامپیوتری موسسات و... است.
بنابر اصول مدیریت ریسک مدیریت بایستی هریک از فرآیندهای ذکر شده را به منظور تطابق و توسعه دادن شیوه های مدیریت خطرهای موسسه که مورد نیاز در رابطه با فعالیت های بانکداری مطرح شده می باشد، مورد بررسی قرار دهد.
مدیریت موسسات مالی بایستی سطحی از خدمات بانکداری الکترونیکی را انتخاب کند که برای بخش های مختلف مشتریان مناسب بوده و مبتنی بر نیازهای آنان و با در نظر گرفتن خطر های ارزیابی شده موسسه باشد. موسسات بایستی به این تصمیم از طریق استراتژی های بانکداری که عواملی مثل تقاضای مشتری، رقبا، مهارت ها، کاربرد کالاهای مصرفی، هزینه های تعمیر و نگهداری و حمایت های سرمایه ای را در نظر می گیرند، دست یابند. در این بین برخی از موسسات برای مواجه نشدن با این خطرها ممکن است خدمات بانکداری الکترونیکی را ارائه ندهند و یا خدمات محدودی را از طریق سایت های اطلاع رسانی ارائه دهند که بی تردید این روش موجب عقب ماندن از رقبا و از دست دادن مشتریان در دنیای کنونی باشد که به شدت تحت تاثیر فناوری های نوین می باشد.
تاثیرات اعتباری حاصل از عدم توجه به ارزیابی و کنترل ریسک در بانک ها به ویژه در بخش بانکداری الکترونیک بسیار زیاد و پر هزینه است و لذا ضروری است تا تمامی بانک های کشور با تجهیز و تمهید مناسب آمادگی قابل قبولی برای مقابله با ریسک های احتمالی در حوزه بانکداری الکترونیکی باشند.